בשלב ראשון יש תיעוד, שימור ומחקר של הגופים המינהליים של רחובות – הוועד, אגודת 'מנוחה ונחלה', המועצה המקומית והעירייה.
בארכיון נמצאים ספרי הפרוטוקולים (עד שנות השבעים), מכתבים יוצאים ונכנסים ומסמכים שונים שהתאספו אצל הגופים שניהלו את המושבה.

בנוסף לכך, כל גוף שפעל ברחובות, קשור לעיר והשפיע על ההיסטוריה שלה מוזמן להפקיד את אוספיו כאן (האוסף התיעודי). כיום נמצאים בארכיון בין היתר - ארכיונים של בתי ספר (סמילסנקי, בית חינוך), ארכיון בית האיכר, התאחדות האיכרים, "פרדס" ועוד.
היבט חשוב אחר שבא לידי ביטוי בארכיון הוא שימור והבנת ההיסטוריה כפי שנחוותה ע"י אנשים פרטיים. אנשים שחיו ופעלו ברחובות ומעוניינים להפקיד בארכיון את האוסף האישי שלהם, בין אם היו מובילי דעה ובין אם אנשים מהיישוב, נשמח מאוד לקבלם !

כיום נמצאים כעשרים ארכיונים אישיים – כולל חלק מארכיון אהרון אייזנברג, יהודה גורודסקי, יצחק כ"ץ, יצחק קפרא, אשר פלדמן הצייר, יחזקאל הרמלך, מיש לפידות, יעקב סנדלר ועוד,  וכן האוסף האישי של אחת הנשים המשפיעות ביותר על שימור ההיסטוריה המקומית – ישראלה קומפטון.

בנוסף למסמכים ולספרי פרוטוקולים, נמצאים בארכיון גם אוספים מיוחדים - תצלומים, מפות, כרזות וכן חומרים לא ארכיונים שנשמרים בספרייה המקומית (ספרים ומאמרים, תיקי מידע ומשפחות). בארכיון גם אוסף של תיעוד בעל פה – בשנת 2002 נערכו ראיונות עם חלק מאנשי הדור השני ברחובות, קלטות אלה הומרו לדיסקים והן עוברות תמלול, כך שאפשר גם לקרוא את הסיפורים והזיכרונות.

החומרים בארכיון נרשמים ומטופלים לפי הכללים והסטנדרטים הבינלאומיים לרישום חומרי ארכיון.